圣路加国际医院年乳癌手术案例数在全日本排名前三，达到近千例(国内同类医院如北京协和等，其年手术案例在600例左右)。乳腺中心，涵盖了乳腺外科，整形外科，肿瘤内科，放射线肿瘤科4大科室，实现了多科室的共同诊疗，不仅对乳腺疾病的诊治提供了更为完善的体制及医疗资源，整形外科可以实现在乳房腺切除的同时进行乳房再建手术，大大提高了患者的生活质量，真正意义上达到照顾患病女性的心理呵护。

脑神经中心由神经内科、脑神经外科、神经血管内治疗科3大科室组成，对于治疗中枢神经（脑/脊髓）、周围神经和肌肉等神经系统异常的疾病、帕金森病、脊髓小脑变性/多系统萎缩、多发性硬化症/视神经脊髓炎、重症肌无力、多发性肌炎/皮肌炎，脑肿瘤（恶性，良性，颅底肿瘤）、脑部血管障碍、头部脊椎疾病等，该中心可为患者进行多学科会诊。
2015年12月，前东京女子医科大学神经外科首席教授、医院院长冈田佳一教授聘为我院名誉顾问。

呼吸中心由呼吸内科、呼吸外科，2大科室组成，并与放射科、放射肿瘤科、肿瘤中心密切合作，为每一位患者量身定制最佳的医疗服务。在手术治疗中，将尽最大努力确保患者的生活质量 (QOL) 不受影响。
对于晚期肺癌，我中心力求通过术前治疗和术后治疗相结合的多模式治疗，尽可能提高治疗效果。
在诊疗方面，根据肺癌细胞的基因分析为每位患者提供最佳治疗。同时还可以实现在门诊进行最先进的化疗和分子靶向治疗。

消化器中心由消化内科，消化外科组成。
该中心的特色：
1）经验丰富的专家外科医生，是消化外科/普通外科（甲状腺、食道/胃、大肠、肝胆胰、疝气）等领域的专家，2）本院是综合医院，对于并发症的患者和老年患者也可放心接受治疗。
2011年起，该中心导入手术机器人达芬奇。 在消化外科和普外科，用于结直肠癌、胃癌和腹疝手术治疗。

心血管中心由循环器内科、心血管外科2大科室组成。循环器内科医生、心血管外科医生、麻醉师、放射科医师、护士、放射科医师、临床工学师、临床检验技师、物理治疗师、药剂师、管理营养师等医疗团队，针对每一名患者，组建了“心脏团队”从诊断、治疗方法选择、治疗和出院后护理，为每位患者提供统一的就诊管理。

肾脏中心由肾内科、肾脏中心、肾脏移植3大科室构成。在该中心，我们为“慢性肾病”提供医疗服务，包括各种肾小球疾病、与全身性疾病相关的肾脏疾病、急性肾病、高血压、电解质异常、腹膜透析、血液透析、肾移植等，对于慢性肾病的治疗，结合药物治疗、饮食治疗、生活方式改善等多种治疗相结合的模式。

小儿科综合医疗中心由小儿科、小儿外科、婴幼儿体检、儿童精神科4大科室组成，主要针对16岁以下的儿童及青少年。该中心治疗广泛的小儿外科领域，如恶性肿瘤、先天性疾病，以及腹股沟疝和脐疝等一般儿科疾病。